幽栖寺位于南京市南郊祖堂山的南麓，始建于南朝刘宋大明三年（459年），是“南朝四百八十寺”中早期的著名庙宇，距今已有1500余年的历史。
祖堂山与牛首山似断若连，层峦叠翠，主峰削如芙蓉，高矗云霄。南麓茫茫竹海，古木参天，原名幽栖山。南朝刘宋大明三年（459年），在此建寺，即以山为名，称幽栖寺。唐太宗贞观（627—649年）年间，高僧法融禅师在此山北崖洞穴中修行，得禅宗四祖道信嫡传心法，创立禅宗的一个支派“牛头宗”，被称为“南宗第一祖师”。幽栖寺为牛头宗即“江表牛头”的发祥地，亦被誉为南宗祖堂，由此改名祖堂寺。幽栖山亦随之更名为祖堂山。晚唐光启（885—888年）中，寺废。
杨吴太和二年（930年）重建，改称延寿院。幽栖寺地势幽静，竹海松涛，置身其中，令人尘虑顿消，幽思无限。南唐烈祖李异在政务倥偬之际，常来此山游赏，中主李瑕也多次来此礼忏拜佛，后主李煜更在此处大兴土木，造寺千间。南宋治平（1064—1067年）年间，恢复幽栖寺原名。
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