南京市崇正书院位于清凉山东麓半山坡上。为清嘉靖年间督学御史耿定向讲学所筑，又相传地藏王肉身在此坐禅。1980年,南京市政府拨款重修崇正书院．由南京工学院著名建筑专家杨廷宝教授亲自指导设计方案，历时两年竣工。据载"进门左为监院公馆，右为乡绅公社，再进为讲堂，东西有学舍30环之"。[1]
书院依山势分为三进，一殿与二殿由两边回廊相连接，廊壁墙上开各式花窗，东侧廊壁嵌有两块石碑。二殿与三殿间是开阔青石平台，其东侧有一组山水小景。三殿是公园的制高点，放眼周围一片苍翠，抬头远望，方圆百里尽收眼底，进入大厅，四幅大型壁画跃然醒目，再现金陵春牛首、夏钟山、秋栖霞、冬石城之四季景色。1992年，在书院增辟“中华奇石馆”，陈列全国各地的天然奇石珍品千方、100多个石种，为古老的胜迹增添了新的文化内涵。2003年，“中华奇石馆”移至山下新馆。
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